Basel ist ein weltweit führendes Zentrum der Chemie- und Pharmaindustrie, ein weltbekanntes Messezentrum sowie ein wichtiger Standort als Bankenplatz. So haben unter anderem die beiden Pharmaunternehmen Novartis und Hoffmann-La Roche sowie die Bank für Internationalen Zahlungsausgleich ihren globalen Hauptsitz in Basel. Die Unternehmensberatungsfirma Mercer wertete Basel Jahr 2019 neben Zürich und Genf zu den zehn Städten mit der weltweit höchsten Lebensqualität.

Chemie- und Pharmakonzerne sind ebenfalls in Basel beheimatet, unter anderem Novartis, eine Fusion, welche 1996 aus der Sandoz und Ciba-Geigy hervorging, Roche, Basilea Pharmaceutica, Acino International und Syngenta, ein im Jahre 2000 entstandener Spin-out der Agrarsparten von Novartis. Auch die Ciba AG, ein Spin-out der Ciba-Geigy, war in Basel ansässig, bevor sie 2008 von dem deutschen Chemiekonzern BASF übernommen wurde und Basel zu einer Zweigstelle von BASF wurde. In Basel ist der Sektor Transport und Logistik durch Panalpina und SBB Cargo vertreten. Die grösste schweizerische Fluggesellschaft Swiss sowie Jet Aviation haben ebenfalls ihren Sitz in Basel (früher auch die 2002 aufgelöste Crossair und die 2012 in Konkurs gegangene Hello). Bedeutende Gross- und Einzelhandelsunternehmen wie die Kaufhauskette Manor, der Hersteller von Raucherbedarfsartikeln Oettinger Davidoff AG, der grösste Fleischproduzent der Schweiz Bell sowie das Einzelhandelsunternehmen Coop sind in Basel beheimatet. Daneben haben die MCH Group, das Life-Sciences-Unternehmen Lonza Group AG, das Haustechnikunternehmen Sauter, die Modekette Tally Weijl, der Reisedetailhändler Dufry, der Mineralöl- und Autohändler Fritz Meyer Holding und der Implantatehersteller Straumann ihren Sitz in Basel.

Auf dem Stadtgebiet befinden sich drei Fernbahnhöfe. Der Bahnhof Basel SBB (Centralbahnhof) ist mit etwa 135’000 (Stand 2016) Reisenden pro Tag der grösste Bahnhof in Basel und der sechstgrösste der gesamten Schweiz. Er befindet sich südlich der Innenstadt. Von dort fahren die nationalen Linien nach Zürich, Bern und Luzern, unterschiedliche S-Bahnlinien, sowie internationalen Linien nach Deutschland, Frankreich, Italien und in die Niederlande. Vom französischen Bahnhof Basel SNCF (Elsässerbahnhof), der zum selben Gebäudekomplex gehört, verkehren einige Linien von Basel nach Frankreich und Belgien. Der im Nordosten der Stadt gelegene Badische Bahnhof (Basel Bad Bf) wird von der Deutschen Bahn betrieben. Hier halten sämtliche Züge von und nach Deutschland und den Niederlanden, hier beginnen auch die Hochrheinstrecke in Richtung Singen, die Oberrheinbahn nach Karlsruhe Hauptbahnhof und die durch die S-Bahn Basel bediente S-Bahnlinie (Wiesentalbahn) nach Zell im Wiesental.