Die Stadt Bern ist Zentrum der Verwaltungsregion Bern-Mittelland und der Regionalkonferenz Bern-Mittelland mit seiner Teilkonferenz Wirtschaftsraum Bern. Seit längerem bestehen ausserdem Bestrebungen, die Stadt und die Agglomeration als Hauptstadtregion Schweiz noch deutlicher zu positionieren. Mitglieder dort sind die Kantone Bern, Freiburg, Wallis, Neuenburg und Solothurn sowie Städte, Gemeinden und Regionalorganisationen.

Zu den wichtigsten Wirtschaftszweigen von Bern zählen ferner der Energiemarkt (die BKW Energie AG ist alleinige Betreiberin des Kernkraftwerks Mühleberg), die Textilindustrie, der Maschinenbau, die Elektrotechnik, früher die Telekommunikation mit der Ascom, in der die Hasler Bern aufgegangen ist, sowie die Produktion von Präzisionsinstrumenten und Messgeräten. Auch die chemische Industrie ist in Bern vertreten mit der – aus dem vom Schweizerischen Roten Kreuz in Bern 1949 errichteten Zentrallaboratorium Blutspendedienst entstandenen – CSL Behring, der aus dem Schweizerischen Serum- & Impfinstitut Bern (Berna) hervorgegangenen, seit 2006 zur holländischen Crucell gehörenden Berna Biotech und der Galenica. Bern ist zudem bekannt als Herstellungsort der Schokolade Toblerone, die von der Chocolat Tobler AG neben anderen Schokoladeprodukten von 1908 bis 1984 im Länggassquartier hergestellt worden war. Von der Tobler AG ist nur die Toblerone übrig geblieben, die von Mondelēz International in Bern-Brünnen mit einer Belegschaft von rund 220 Personen produziert und zum grössten Teil exportiert wird. Die ehemalige Toblerfabrik in der Länggasse beherbergt seit 1993 die «Unitobler», einen Teil der Universität Bern. Ebenfalls ein Unternehmen aus der Stadt Bern ist die Wander AG, die seit 1904 das Getränk Ovomaltine – im englischen Sprachraum Ovaltine genannt – herstellt. Seit 2002 ist die Wander AG eine Tochtergesellschaft des britischen Nahrungsmittelkonzerns Associated British Foods und hat ihren Sitz in Neuenegg. Der Bankensektor ist neben den Filialen der Grossbanken mit einigen lokalen Banken vertreten; die 1834 gegründete Berner Kantonalbank war die erste Kantonalbank der Eidgenossenschaft. In Bern befindet sich die staatliche Münzprägeanstalt, in der alle Schweizer Münzen geprägt werden.

Linienverkehr findet seit dem Konkurs im Sommer 2018 der in Bern ansässigen Fluggesellschaft SkyWork Airlines nicht mehr statt. Air Engiadina (später umbenannt in Swisswings) hatte von 1992 bis zu deren Konkurs 2002 Bern bedient. Die Swiss hatte sich 2003 zurückgezogen. Mehrere kleine Fluggesellschaften gaben kürzere Gastspiele. Eine über Crowdfunding finanzierte neue virtuelle Airline Flybair soll 2020 den Betrieb aufnehmen und kooperiert dazu mit Helvetic Airways. Die Energie- und Wasserversorgung sowie die Kehrichtverwertung der Stadt Bern werden von Energie Wasser Bern (ewb), einem öffentlich-rechtlichen Unternehmen in Besitz der Stadt Bern, wahrgenommen. ewb versorgt die Stadt als Partnerin der Wasserverbund Region Bern AG über ein 388 Kilometer langes Versorgungsnetz mit rund 14 Millionen Kubikmetern Trinkwasser. Das Wasser stammt zu 81,4 Prozent aus Grundwasser und zu 18,6 Prozent von Quellen aus dem Emmental, dem Aaretal, aus Kiesen und aus Schwarzenburg.