Regensburg liegt am nördlichsten Punkt der Donau, an den Mündungen der linken Donau-Nebenflüsse Naab und Regen. Im Stadtgebiet liegen die zwei Donauinseln Oberer Wöhrd (östlicher Zipfel Jahninsel unter der Brücke) und Unterer Wöhrd. Der heutige Stadtteil Stadtamhof war bis 1924 eine bayerische Kleinstadt und bildete ursprünglich den nördlichen Uferbereich der Donau. Nach 1970 wurde dieser Stadtteil ebenfalls zu einer Insel, vom Stadtgebiet abgetrennt durch den Bau des Europakanals. Der Kanal fungiert als Schifffahrtsumgehung für die mitten im Stadtgebiet liegende Steinerne Brücke über die Donau und damit als Umgehung der Altstadt von Regensburg.

2005 arbeiteten 75 der abhängig Beschäftigten in der Land- und Forstwirtschaft, 30.387 im verarbeitenden Gewerbe, 2.458 im Baugewerbe, 11.365 im Handel, 4.607 für Verkehr und Nachrichtenübermittlung, 3.220 im Kredit- und Versicherungsgewerbe, 32.844 im Sektor Dienstleistungen und 6.147 in den Verwaltungen der ansässigen Gebietskörperschaften. 1.192 Personen arbeiten in sonstigen Bereichen. Das verarbeitende Gewerbe hat seine Schwerpunkte in Automobilbau und -zulieferung, in der Elektrotechnik, in der Mikroelektronik und im Maschinenbau. Außerdem ist Regensburg seit 2006 Sitz der Geschäftsstelle des bayerischen Cluster Sensorik. Die vom Amt für Wirtschaftsförderung der Stadt Regensburg initiierte Strategische Partnerschaft Sensorik e. V. ist ein Technologie-Netzwerk mit über 30 Mitgliedern aus dem Bereich Sensorik im Raum Ostbayern.

Die Ansiedlung von Zukunftsbranchen wird durch die Stadt aktiv gefördert. Im Fokus stehend dabei die Bereiche Energietechnik, Biotechnologie, IT und Sensorik. Einrichtungen wie der Gewerbepark Regensburg, der Energiepark Regensburg, das Technologiezentrum TechBase oder der BioPark mit inzwischen über 40 Biotech-Firmen sind Bestandteile einer wirtschaftlichen Neustrukturierung der Stadt. Zu Zeiten des New-Economy-Booms wurden hier eine Reihe von Unternehmen gegründet wie ABC Telebuch, dem Vorläufer von Amazon.de; Adori AG, Feedback AG, Offerto.de oder die SPiN AG, womit Regensburg zeitweise eines der Zentren der deutschen Internetwirtschaft war. Einige Unternehmen sind zwischenzeitlich in geografisch günstiger gelegene Regionen in Deutschland übergesiedelt (von Amazon ist zum Beispiel nur ein Teil des Kundensupports verblieben), während andere Unternehmen, wie z. B. Adori oder Feedback, mit dem Absturz des Neuen Marktes untergingen. Große Flächen für den Einzelhandel entstanden im 1967 errichteten und mehrmals erweiterten Donau-Einkaufszentrum im Nordosten der Stadt. 2002 entstanden am Bahnhof innerstädtisch zusätzlich die Regensburg Arcaden.