Etwa 43 Prozent der Freiburger Gemarkung sind mit Wald unterschiedlicher Ausprägung (Mooswald, Mittelwald und Bergwald) bedeckt, rund ein Drittel davon ist Eigentum der Stadt, die damit zu den größten kommunalen Waldbesitzern in Deutschland gehört. Die wichtigsten Baumarten, die auch wirtschaftlich genutzt werden, sind Buche, Stieleiche, Fichte, Tanne und Douglasie. Über die wirtschaftliche Nutzung hinaus hat der Wald aber auch ökologische Bedeutung und ist ein wichtiger Bestandteil des Erholungs- und Freizeitangebots. Eine der beiden Forstdirektionen des Landes Baden-Württemberg sowie die hier ansässige Forstliche Versuchsanstalt des Landes zeugen von der Bedeutung des Waldes für die Stadt.

Auch der Weinbau spielt in Freiburg eine nicht unbedeutende wirtschaftliche Rolle. Die Stadt im Weinbaubereich Breisgau grenzt an drei weitere badische Bereiche: Markgräfler Land, Tuniberg und Kaiserstuhl mit unterschiedlichen typischen Rebsorten. Mit rund 650 Hektar Rebfläche ist Freiburg die größte Weinbaustadt und eine der größten Weinbaugemeinden in Deutschland – dies vor allem durch die Eingemeindung mehrerer Weinbaugemeinden im Westen der Stadt in den 1970er Jahren. Aber auch auf kleinen Flächen der Innenstadt wird noch heute Wein angebaut wie z. B. am Freiburger Schlossberg. Eines der Weingüter, die dort anbauen, ist das Stiftungsweingut Freiburg in Merzhausen. Die Bedeutung des Weinbaus für die Stadt wird unterstrichen durch das hier ansässige Staatliche Weinbauinstitut und den Sitz des Badischen Weinbauverbandes. Auch die Universität baut seit 1985 wieder eigenen Wein an, nachdem diese Tradition seit 1806 unterbrochen war. Davor hing das Gehalt der Professoren direkt vom Ertrag des Weinbaus ab.

Zu den größeren privaten Arbeitgebern zählen der Halbleiterhersteller TDK-Micronas, die zum amerikanischen Northrop Grumman-Konzern gehörende LITEF GmbH sowie Cerdia, ein Unternehmen des US-Finanzinvestor Blackstone, das Materialien für Zigarettenfilter herstellt. Das Unternehmen EFD Induction, von 1950 bis 1996 Fritz Düsseldorf GmbH (FDF), ist Europas größter Hersteller von Induktions-Härteanlagen und gehört zusammen mit der EFD Härterei F. Düsseldorf GmbH (Hochdorf) zum EFD-Induction-Konzern mit Sitz in Skien/Norwegen. Der Baustoffhändler Götz + Moriz ist in Freiburg angesiedelt. Größte ansässige Brauerei ist die Brauerei Ganter. Bedeutend ist das Milchverarbeitungsunternehmen Schwarzwaldmilch, das mehrheitlich in der Hand der Schwarzwälder und Breisgauer Milchbauern ist. Seit Januar 1996 ist Freiburg Sitz des Briefzentrums 79 der Deutschen Post AG. Seit 1962 ist Freiburg Standort des inzwischen zum Pfizer-Konzern gehörenden Arzneimittelherstellers Gödecke. Im Jahr 1863 wurde das Unternehmen Raimann zur Herstellung von Maschinen für die Holzbearbeitung gegründet. Es gehört mittlerweile zur Michael Weinig AG und ist das älteste industrielle Unternehmen in Freiburg. Die beiden Unternehmen Mez und Madeira Garnfabrik sind bzw. waren bereits seit Anfang des 20. Jahrhunderts in der Textilindustrie tätig.