Nach 2000 wurden viele Großprojekte verwirklicht. So wurde das Gebäude der früheren Hauptpost abgerissen. An seiner Stelle entstand ein Büro- und Geschäftshaus der Kreissparkasse Köln, das S-Carré. Die ehemalige Neue Poststraße, ÖPNV-Durchgangsstrecke vom Bahnhof in Richtung westlicher Innenstadt, wurde zum Erweiterungsbereich der Fußgängerzone. Die frühere Straße An der Stadtmauer ist völlig verschwunden; dort verläuft inzwischen ein Fußweg. Nach einer sich erheblich länger als geplant hinziehenden Bauzeit ist auch der ICE-Bahnhof Siegburg/Bonn an der Strecke Köln–Frankfurt 2004 fertiggestellt worden.

In Siegburg ist im öffentlichen Personennahverkehr (ÖPNV) der Tarif des Verkehrsverbundes Rhein-Sieg (VRS) gültig. Die Stadt ist über die Siegburger Bahn (Stadtbahnlinie 66) mit Bonn verbunden, die zu den Hauptverkehrszeiten im 10-Minuten-Takt über die Kennedybrücke und die Konrad-Adenauer-Brücke in Bonn bis nach Bad Honnef führt. Durch die Linie 66 wird Siegburg außerdem mit Sankt Augustin und Königswinter verbunden. Nur an Schultagen, jeweils zweimal Morgens und zweimal Nachmittags, verkehrt auch die Linie 67 auf der Strecke, mit dem Unterschied, dass die Linie 67 von Siegburg Bahnhof nach Bad Godesberg Bahnhof fährt. Seit 2003 ist Siegburg an die ICE-Schnellfahrstrecke Köln–Rhein/Main angebunden. Eigens dafür erhielt Siegburg ein neues Bahnhofsgebäude mit umliegenden Geschäften. Der Bahnhof erhielt den Namen Siegburg/Bonn, da der ICE-Halt über die Stadtbahnlinie 66 der Stadtwerke Bonn mit Bonn verbunden ist. Siegburg wird auch in der Liste der ICE mit Städtenamen genannt. Weiterhin liegt die Stadt an der Siegstrecke Köln–Siegen und wird von Regional-Express-Zügen der Linie RE 9 bedient. Die S-Bahn-Linien S 12 (Düren–Köln–Hennef–Au (Sieg)) und S 19 halten hier ebenfalls.