Die Stadt Bern ist Zentrum der Verwaltungsregion Bern-Mittelland und der Regionalkonferenz Bern-Mittelland mit seiner Teilkonferenz Wirtschaftsraum Bern. Seit längerem bestehen ausserdem Bestrebungen, die Stadt und die Agglomeration als Hauptstadtregion Schweiz noch deutlicher zu positionieren. Mitglieder dort sind die Kantone Bern, Freiburg, Wallis, Neuenburg und Solothurn sowie Städte, Gemeinden und Regionalorganisationen.

Die Stadt Bern ist nicht nur Sitz der städtischen und kantonalen, sondern als Bundesstadt auch der eidgenössischen Verwaltung und damit das grösste Verwaltungszentrum der Schweiz. Zudem haben die Bundesbetriebe Post, die Schweizerischen Bundesbahnen sowie die Bern-Lötschberg-Simplon-Bahn BLS ihren Hauptsitz in Bern. Hinzu kommen nationale Organisationen wie zum Beispiel Swissmedic, das schweizerische Heilmittelinstitut, die diplomatischen Vertretungen und der Weltpostverein.

Nach der öffentlichen Verwaltung weist im tertiären Sektor das Gesundheits- und Sozialwesen am meisten Beschäftigte auf. Im zweiten Sektor steht das Baugewerbe an erster Stelle, gefolgt vom Druck- und Verlagswesen. Zu den wichtigsten Wirtschaftszweigen von Bern zählen ferner der Energiemarkt (die BKW Energie AG ist alleinige Betreiberin des Kernkraftwerks Mühleberg), die Textilindustrie, der Maschinenbau, die Elektrotechnik, früher die Telekommunikation mit der Ascom, in der die Hasler Bern aufgegangen ist, sowie die Produktion von Präzisionsinstrumenten und Messgeräten. Auch die chemische Industrie ist in Bern vertreten mit der – aus dem vom Schweizerischen Roten Kreuz in Bern 1949 errichteten Zentrallaboratorium Blutspendedienst entstandenen – CSL Behring, der aus dem Schweizerischen Serum- & Impfinstitut Bern (Berna) hervorgegangenen, seit 2006 zur holländischen Crucell gehörenden Berna Biotech und der Galenica.

Bern ist zudem bekannt als Herstellungsort der Schokolade Toblerone, die von der Chocolat Tobler AG neben anderen Schokoladeprodukten von 1908 bis 1984 im Länggassquartier hergestellt worden war. Von der Tobler AG ist nur die Toblerone übrig geblieben, die von Mondelēz International in Bern-Brünnen mit einer Belegschaft von rund 220 Personen produziert und zum grössten Teil exportiert wird. Die ehemalige Toblerfabrik in der Länggasse beherbergt seit 1993 die «Unitobler», einen Teil der Universität Bern. Ebenfalls ein Unternehmen aus der Stadt Bern ist die Wander AG, die seit 1904 das Getränk Ovomaltine – im englischen Sprachraum Ovaltine genannt – herstellt. Seit 2002 ist die Wander AG eine Tochtergesellschaft des britischen Nahrungsmittelkonzerns Associated British Foods und hat ihren Sitz in Neuenegg. Der Bankensektor ist neben den Filialen der Grossbanken mit einigen lokalen Banken vertreten; die 1834 gegründete Berner Kantonalbank war die erste Kantonalbank der Eidgenossenschaft. In Bern befindet sich die staatliche Münzprägeanstalt, in der alle Schweizer Münzen geprägt werden.

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