Die Ortschaft Alfter wird erstmals 1067 urkundlich erwähnt. Sie führte damals den Namen Alvetra. Später hieß der Ort Halechtre (1116), Alftera (1196) bzw. Alffter (1618). Bis 1969 war Alfter eine selbständige Gemeinde mit den Orten Birrekoven und Olsdorf. Zu Alfter gehörte der untergegangene Ort Pelz, der nur noch im Straßennamen „Pelzstraße“ fortbesteht. Zeitweise gehörte auch Roisdorf zur Herrlichkeit Alfter im kurkölnischen Amt Brühl. Seit 1969 ist Alfter nördlichste Ortschaft der Gemeinde Alfter. Mit 8663 Einwohnern ist sie die größte Ortschaft der Gemeinde.

Landesherrlich war das heutige Gebiet der Gemeinde Alfter Teil des Kurfürstentums Köln. Der Ort Alfter gehörte zur Herrlichkeit Alfter (mit Birrekoven, Olsdorf und Roisdorf), die im Besitz der Grafen von Salm-Reifferscheid war, Gielsdorf gehörte zum Dingstuhl Gielsdorf, Oedekoven zum Dingstuhl Duisdorf, Witterschlick zum Dingstuhl Godesberg. Nach der Inbesitznahme des linken Rheinufers durch französische Revolutionstruppen (1794) und der Einführung neuer Verwaltungsstrukturen (1798) wurden die Ortschaften der „Mairie Oedekoven“ zugeordnet, die zum Kanton „Bonn externe“ im Rhein-Mosel-Département gehörte. Roisdorf kam zur „Mairie Waldorf“. Unmittelbar an der nördlichen Grenze von Alfter verlief damals die Grenze zum Rur-Département. Nach den auf dem Wiener Kongress (1815) getroffenen Vereinbarungen kam die Region zum Königreich Preußen, die Mairie wurde in die Bürgermeisterei Oedekoven im Landkreis Bonn überführt, zu der auch die Bonner Stadtteile Buschdorf und Lessenich/Meßdorf gehörten.

In Witterschlick befindet sich die Hauptverwaltung der Deutschen Steinzeug Cremer & Breuer AG, dem größten deutschen Hersteller von Fliesen. In Oedekoven befindet sich der Hauptsitz des 1931 in Alfter, Holzgasse, gegründeten Baustoff-Großhandelsbetriebes „Baustoff Fassbender Tenten“, dem inzwischen größten Baustoffhändler in der Region Bonn. Die Firma beschäftigt rund 730 Mitarbeiter und hat einen Jahresumsatz von 170 Millionen Euro. In Alfter hatte die „Brombeerweinkellerei Rebellenblut“ ihren Firmensitz. Heute wird das Rebellenblut von dem Alfterer Unternehmen Schwadorf Handel und Logistik GmbH & Co. KG vertrieben. Im Übrigen ist Alfter landwirtschaftlich geprägt. Rund die Hälfte des Gemeindegebietes ist landwirtschaftliche Nutzfläche.:5 Eine Vielzahl landwirtschaftlicher Kleinbetriebe erzeugt neben Salat, Gemüse (vgl. oben) und Kräutern auch Schnittblumen.